全科医学是整合临床医学、预防医学、康复医学以及人文社会学科相关内容于一体的综合性医学专业学科，是服务于大众的基本医疗学科。卫生部在全国公立医院改革会上提出，全国三甲医院必须成立全科医学科。
该院积极响应北京市卫生局号召，于2009年率先建立了全科医学科，开创了北京市在三甲医院从事全科医疗工作的先河，设有全科门诊。通过近年发展，该院全科医学科已成为北京市卫生局及中医管理局两个全科医师规范化培训基地;是安贞医院及社区全科医学教研室，并为此争取到北京市发改委首家全科医师培训基地改造经费3000万的资格。科室目前有在职医师11名，包括主任医师2人，副主任医师3人，主治医师6人，其中博士2名，硕士8名，硕士生导师1名，还有退休返聘专家数人。每天门诊量约400-550人次。
全科医学科门诊的就诊范围包括：初诊患者;各种慢性病患者，如高血压、糖尿病、心脑血管疾病和骨质疏松症等患者;需要双向转诊的患者。
全科医学科对患者实行责任制，为方便患者就诊和缓解该院就诊压力，同时与该院各临床专科和社区卫生服务中心紧密合作，通过双向转诊“绿色通道”实现了就诊患者向上与该院各临床专科，向下与大屯社区卫生服务中心的无缝对接，确保各类病人在各个疾病阶段都能得到及时、适宜和高质量的诊治。全科医学科真正搭建起连接社区医院和安贞医院的桥梁。全科医学科为了加强健康宣教和对全科医疗的宣传，编制了“北京安贞医院全科医学科患者手册”。
此外，全科医学科还拥有慢病管理软件，使用该软件可以将患者基本信息和每次就诊情况记录下来，实现动态实时预约、诊疗、慢病管理等多种功能。