儿科是上海交通大学医学院附属第三人民医院主要临床科室之一，主要研究方向为新生儿/儿童急危重症救护、小儿哮喘及围产医学。近几年来在临床医疗、学科建设、科学研究及人才培养等方面取得了快速发展和进步。2008年被上海市卫生局确定为上海市六大危重新生儿抢救会诊中心之一。儿科分儿内科及新生儿科二个病区。目前共有医护人员34人，包括主任医师1名、副主任医师5名，主管护师5人，其中博士1人、硕士5人、在读博士1人、在读硕士1人。

新生儿专科：是宝山地区唯一一家新生儿专科，是上海市六大危重新生儿抢救会诊中心之一。拥有优美洁静的环境、雄厚的技术力量和先进的仪器设备，配备有新生儿转运暖箱、dragerbabylog8000常频和高频呼吸机、斯蒂芬呼吸机、无创式cpap呼吸机、床边x光机、微量输液泵、进口远红外线辐射台、新生儿暖箱、光疗箱、全功能心肺监护仪、无创伤黄疸分析仪、微量血糖分析仪、微量血气分析及电解质分析仪、早产儿混合氧吸入装置等先进的重症监护和抢救设备。在新生儿重度窒息、缺氧缺血性脑病、新生儿颅内出血、新生儿肺透明膜病、新生儿肺出血、新生儿肺炎、新生儿持续肺动脉高压、新生儿溶血病、新生儿败血症、多器官功能衰竭、早产儿及极低出生体重儿等危重症的救治方面具有丰富的临床经验，挽救了许多危重患儿的生命，获得了良好的社会信誉。

呼吸专科：在儿童支气管哮喘、婴幼儿重症肺炎、慢性咳嗽、婴幼儿反复喘息及反复呼吸道感染等儿童呼吸系统常见病、多发病的诊疗积累了丰富的临床经验。在儿童支气管哮喘的诊治上，开展了皮肤原过敏测试、哮喘肺功能监护，针对病因加以综合性治疗，取得了良好疗效，得到了家长和患儿的认可。